در اوایل زمستان سال ۱۳۹۱ این شایعه مطرح شد که جواد نکونام به خاطر بازگشت فرهاد مجیدی و در اختیار گرفتن بازوبند کاپیتانی استقلال، به شدت ناراحت است و قصد جدایی دارد.

این ماجرا بعد از برخورد سرد نکونام و مجیدی در تمرین استقلال شرایط جدی‌تری به خود گرفت ولی نکونام طی مصاحبه‌ای که پنجم دی ۱۳۹۱ با ما داشت، تمام موارد را تکذیب کرد و حرف‌هایی زد که…

• مشکل من بازوبند کاپیتانی استقلال نیست و هیچ‌وقت دنبال کاپیتان شدن در این تیم نبودم. مشکلم اینجا چیز دیگری است. مسئله این است که دوست ندارم حرمت‌ها شکسته شود و برخی ارزش‌ها از بین برود.
• آیا تا به حال حتی یک جمله از من شنیده‌اید که گفته باشم از آمدن فرهاد مجیدی ناراحتم؟ حتی در برنامه ۹۰ هم از بازگشت فرهاد استقبال کردم. کدام آدم عاقلی از قوی‌تر شدن تیمش ناراحت می‌شود؟
• دوست دارم با پیراهن استقلال از میادین خداحافظی کنم مگر این‌که مجبورم کنند از این تیم جدا شوم.
• دوباره خطاب به هواداران استقلال می‌گویم مشکل من نه بازوبند است و نه بازگشت فرهاد مجیدی. اگر دنبال کاپیتانی استقلال بودم، بلافاصله پس از این‌که از اسپانیا برگشتم آن را بر بازو می‌بستم ولی گفتم بهتر است بازیکن دیگری این وظیفه را بر عهده بگیرد. هدف جواد نکونام قهرمانی با استقلال است نه بستن بازوبند کاپیتانی