پرسپولیس شانزدهمین دوره رقابت‌های لیگ برتر را مقتدرانه شروع کرد و علاوه بر این‌که نیم‌فصل را با صدرنشینی به پایان رساند، عنوان قهرمانی را به دست آورد. کریم باقری در آن مقطع دستیار برانکو ایوانکوویچ بود و هشتم دی ۱۳۹۵ مصاحبه جالبی پیرامون وضعیت پرسپولیس با ما انجام داد:

• خوشحالم که نیم‌فصل اول را با موفقیت به پایان رسانده‌ایم ولی هنوز دور برگشت مسابقات باقی مانده است.
• همه‌چیز آخر فصل تقسیم می‌شود و صدرنشینی در هفته پایانی ملاک است. به قهرمان نیم‌فصل حتی یک آبنبات چوبی هم نمی‌دهند!
• این‌که می‌گویند برانکو شانس آورده که یک نفر مانند کریم باقری را کنار دست خود دارد اصلا درست نیست چون من کار خاصی در پرسپولیس انجام نمی‌دهم و زحمات کادر فنی بر عهده خود آقای برانکو و دستیار خارجی‌اش، آقای سرتن چوک است. من بیشتر کنار تیم هستم و دارم یاد می‌گیرم.
• زین‌الدین زیدان را خیلی دوست دارم و دلم می‌خواهد بهار سال ۹۶ هم پرسپولیس قهرمان لیگ برتر ایران شود و هم رئال مادرید با زیدان، فاتح لالیگا.
• همچنان در تلاش هستم تا به مربی‌گری علاقمند شوم!
• با احترام به همه فوتبالیست‌های عزیز و بزرگ، به نظر من ناصر محمدخانی، خداداد عزیزی، علی کریمی و علی دایی بهترین بازیکنان فوتبال ایران بعد از انقلاب هستند.