امیر قلعه‌نویی پاییز سال ۹۰ هدایت تراکتور را بر عهده داشت اما نام او تحت هر شرایطی با استقلال گره خورده و در آن مقطع نیز ماجرا به همین شکل بود.

قلعه‌نویی ۳۰ آذر هنگامی که شایعه بازگشت او به استقلال در رسانه‌ها مطرح شده بود، ضمن تکذیب این قضیه کنایه معناداری زد و گفت: این سناریوی جدید برخی دوستان است که ما را به حاشیه بکشند. استقلال الان شرایط خوبی دارد و جایگاهش در جدول مناسب است. این تیم هر وقت دچار بحران شد و در رده‌های نهم یا سیزدهم قرار گرفت سراغ من می‌آید! استقلال کادر فنی خوبی دارد که آقای منصور پورحیدری به عنوان بزرگتر بالای سر آن‌هاست و میان کادر مدیریتی این باشگاه نیز همدلی برقرار است. من هم تمام حواسم در حال حاضر معطوف به موفقیت تراکتور بوده و به تیم دیگری فکر نمی‌کنم.

البته قلعه‌نویی اواخر خرداد ۱۳۹۱ به استقلال بازگشت و تا سال ۹۴ روی نیمکت این تیم نشست. این تیم اگرچه با امیر قهرمان لیگ دوازدهم شد ولی او خرداد سال ۱۳۹۴ در حالی جدا شد که استقلال در رتبه ششم جدول جا گرفته بود.